2011年5月6日金曜日

環境設定:基本操作その1

■ディレクトリの移動

例えば、/home/○○/document/を、/opt/document/に移動したい場合、

sudo mv /home/○○/document/ /opt/
とすれば充分。

sudo mkdir /opt/doc
とやってから、
sudo mv /home/○○/document/ /opt/doc/
とやると、documentディレクトリが/opt/doc/以下に作成される。


■pathの通し方

.profileに、

export PATH=$PATH:/opt:/opt/○○
などと追記して、

source .profile
を実行し、その後

echo $PATH
でパスが通ったことを確認。

NGS解析用ソフトのインストール

■Samtoolsなど

Ubuntuソフトウェアセンターより検索して、SamtoolsとBWAはインストールが可能。
ちゃんと最新版が入ってくれる。

■Bowtieのインストール

Sourceforgeから最新版をダウンロード。
適当なフォルダに解凍して、makeすれば使える。

※インストールに際し、参考にさせていただきました。
http://d.hatena.ne.jp/sesejun/20100728/p1

2011年5月2日月曜日

Virtual Box 4.0.6でLinuxゲストを使うときの、共有フォルダの設定

VirtualBox のバージョン : 4.0.6
ホストOS : Windows7 64-bit
ゲストOS : Ubuntu 11.04



1. 共有フォルダは、まずVirtualBoxの「デバイス」→「共有フォルダ」から設定。

2. この時、自動マウントしておくと、ゲストLinuxを立ち上げたときに/media/sf_○○にマウントされる。

3. Ubuntu 11.04では、右上の電源ボタンから「システム設定」を開き、「ユーザーとグループ」からvboxsfというグループに自分を参加させる。


以下、日記。

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数日前にVirtualBoxをアップデートした途端に、それまで使えていたUbuntu 10.10の共有フォルダがマウントされなくなってしまった。
何度も
sudo mount.vboxsf ○○ /home/××/○○
と試してみても、
/sbin/mount.vboxsf: mounting failed with the error: Invalid argument
と怒られてしまう。
ゲストOSが壊れたのかと、10.04LTSなども使ってみたり、何度もインストールしなおしたがダメ。
ググッてみたが解決策を見つけられず、仕方なくHelpファイルを見てみると・・・



With Linux guests, auto-mounted shared folders are mounted into the /media directory, along with the prefix sf_. For example, the shared folder myfiles would be mounted to /media/sf_myfiles on Linux and /mnt/sf_myfiles on Solaris.
The guest property /VirtualBox/GuestAdd/SharedFolders/MountPrefix determines the prefix that is used. Change that guest property to a value other than "sf" to change that prefix; see Section 4.6, “Guest properties” for details.

Note

Access to auto-mounted shared folders is only granted to the user group vboxsf, which is created by the VirtualBox Guest Additions installer. Hence guest users have to be member of that group to have read/write access or to have read-only access in case the folder is not mapped writable.


というわけで、どうやら自動マウントにしておくと、勝手に/media/sf_○○にマウントされるらしい。
そのままではこのフォルダはvboxsfというグループに属しているので、自分をこのユーザーグループに参加させて、再起動したら、ちゃんとこの共有フォルダにアクセスできるようになった。
# それにしても、リリース直後のUbuntu 11.04を使おうという考えたために、Unityの使い方から調べ直すという愚に陥ったのは、われながらミーハーな性格が災いしているなぁと反省・・・